Действие «Манускрипта ниндзя» разворачивается в древней Японии, в эпоху постоянных конфликтов между самурайскими кланами и скрытых формирований ниндзя. Эпидемия чумы, разразившаяся в провинции Ямасиро, заставляет всех местных жителей бежать из родных мест, а клан Мотидзукэ отправляет на разведку остатки подчиненных ему ниндзя клана Кога.
