После событий второй части саги, когда был побежден Хан и создана уникальная планета Генезис, капитан Джеймс Т. Керк переживает тяжелую утрату: его лучший друг Спок погиб, спасая корабль «Энтерпрайз», и эта потеря кажется капиту невосполнимой. Параллельно он видит, как рассудок теряет доктор Мак-Кой: перед смертью Спок перенес свой разум в тело друга, и теперь неконтролируемые вспышки гнева и...
